对于行为人主观上是否明知，理论上通常采用推定明知原则。
因为犯罪嫌疑人的反侦察能力越来越强，在毒品交易前期以暗号进行交易，在运输毒品过程中也是采用由他人代运、把毒品伪装成食品等方式来运毒卖毒，给缉毒警方侦查带来了挑战。
因此在判断行为人主观上是否明知，不能以其口供判断，也不能以缉毒公安等猜测判断，应该采用推定明知原则。
笔者列举了现实生活中常见等几种情形，运用推定明知原则可以对案件进行比较客观的判断：
(1) 主观上对毒品知不知情，是不是明知是毒品而运输是运输毒品罪的构成要件。比如，在缉毒人员查车或进行抓捕时，行为人神色慌张、口齿不清、明显有紧张痕迹的话，可以判断行为人主观上是明知毒品的。
(2) 是否明知还能通过行为人转移毒品时走的路来判断，如果行为人逃避关卡、绕过检查路段、收费站等，走不常规的路段，一般也认为行为人主观上是明知的。
(3) 结合现实情况，云南、缅甸等地是毒品生产量高居榜首的地方，而沿海地方则是买卖交易罪频繁的地方，如果行为人是从云南出发到广东，则会有运输毒品的重大嫌疑。
(4) 行为人如果采用与平时生活水平相差很大的交通工具，也会被认为有重大嫌疑。
(5) 缉毒公安在拘留或逮捕犯罪嫌疑人以后，对与他们随身携带的手机、电脑都会予以扣押，提取里面的电子数据 ，如果出现有佣金、报酬或者好处费等，一般会被认为是明知毒品而运输。
